Transcriptome

"transcriptome" dans l'encyclopédie

• TRANSCRIPTOME

  • Écrit par Michel BELLIS
  • 843 mots

  L'ensemble des molécules d'ARN messager d'une cellule constitue le transcriptome. Les ARN messagers sont une réplique des gènes qui sont à l'état actif dans une cellule. Quelques-uns peuvent jouer un rôle structural ou catalytique, mais la plupart d'entre eux sont traduits en protéines et participent ainsi à toutes les fonctions de la cellule. Chez l'homme, on considère qu'il existe environ 50 000 gènes qui s'expriment de manière différentielle dans plus de 200 types cellulaires.

• PUCES À ADN ET LABORATOIRES SUR PUCE

  • Écrit par Michel BELLIS et Claude VAUCHIER
  • 12 456 mots
  • 2 médias

  Domaines d'application Grâce aux puces à ADN, l'étude du transcriptome peut se faire de manière systématique et exhaustive, ce qui offre de nouvelles perspectives dans le domaine de la recherche médicale et fondamentale. Les puces à polynucléotides sont surtout utilisées à cet effet. Elles ont permis, par exemple, d'analyser l'ensemble des gènes actifs de la levure dans différentes situations ou encore de repérer les modifications du transcriptome dans les cellules infectées, dans les cellules soumises à des traitements médicamenteux ou encore dans des cellules cancéreuses.

• GÉNOMIQUE Théorie et applications

  • Écrit par Louis-Marie HOUDEBINE
  • 22 227 mots

  Le patron d'expression d'un génome est appelé le transcriptome. Les outils essentiels utilisés pour mesurer l'expression simultanée d'un grand nombre de gènes sont des puces à ADN (cf. génie génétique). De la même manière, des électrophorèses bidimensionnelles permettent désormais d'identifier systématiquement les protéines présentes dans un tissu donné.

• GÉNOMIQUE : ANNOTATION DES GÉNOMES

  • Écrit par Véronique BLANQUET et Stéphanie DURAND
  • 44 197 mots
  • 5 médias

  – Si l’on dispose d’un transcriptome de référence, on peut utiliser les mêmes outils que pour l’ADN génomique, mais cette méthode, certes très rapide, n’est pas la plus utilisée car on n’est jamais vraiment sûr de disposer d’un « vrai » transcriptome de référence. En fait, l’alignement sur un génome de référence est préféré. Mais, dans ce cas, les outils de mapping sont différents pour les eucaryotes du fait de la structure en exons/introns de leurs gènes : ils doivent donc être capables de reconnaître un read à cheval sur deux exons.

• SÉQUENÇAGE HAUT DÉBIT DE L'ADN

  • Écrit par Véronique BLANQUET, Nathalie DUPRAT et Lionel FORESTIER
  • 31 133 mots
  • 8 médias

  Le séquençage NGS du transcriptome – « RNA-Seq » pour RNA sequencing –, par essence dépendant du métabolisme cellulaire, consiste quant à lui à la détermination des bases constituant les ARN – produits issus de la transcription de l’ADN et qui pour les ARNm correspond à l’expression des gènes, les ARNm étant traduits en protéines. Le transcriptome reflétant l’activité cellulaire à l’instant t est donc en constante évolution.