ACTINOMYCÈTES

Taxonomie

La taxonomie a progressé en fonction du développement des connaissances. Elle s'est d'abord fondée sur des critères essentiellement physiologiques et morphologiques.

En 1965, H. A. et M. P. Lechevalier proposèrent que la classification des Actinomycètes soit fondée sur des caractères morphologiques et chimiques. Ce principe est d'une grande utilité, permettant de grouper les Actinomycètes en genres faciles à caractériser. Les critères chimiques utilisés dans la classification des Actinomycètes touchent surtout à la composition de leurs parois cellulaires et de leurs lipides.

Les formes fermentatives sont classées en quatre genres.

Les formes oxydatives sont beaucoup plus nombreuses et sont réparties entre plusieurs genres dont le nombre augmente avec l'accroissement de nos connaissances des Actinomycètes. Nous nous bornerons ici aux genres les plus importants.

Dans le genre Agromyces, les parois cellulaires contiennent de l'acide diaminobutyrique et de la glycine, dans le genre Oerskovia, les composants diagnostiques des parois cellulaires sont la lysine, l'acide aspartique et le galactose.

Les autres Actinomycètes oxydatifs aérobies contiennent de l'acide diaminopimélique (DAP) et sont séparés en quatre groupes.

Le groupe IV fournit un bon exemple de l'utilisation des lipides dans la taxonomie des Actinomycètes. Dans ce groupe, on trouve les Mycobacterium, contenant des acides mycoliques de grande taille (80 atomes de carbone), les Nocardia avec des acides semblables de taille moyenne (50 atomes de carbone), les Corynebacterium avec de petits acides mycoliques (30 atomes de carbone) et les Amycolata sans acides mycoliques. Avant la découverte de ces acides gras ramifiés en position alpha et hydroxylés en position bêta, il était souvent difficile de classer les Bactéries appartenant à ce groupe.

Si on suit le système de classification de Murray qu'on retrouve dans le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology (1986, 1989), les Actinomycètes appartiennent au règne des Procaryotae (organismes cellulaires sans noyau), à la division des Firmicutes (Bactéries gram-positives) et à la classe des Thallobacteria (Bactéries gram-positives ramifiées) contenant l'ordre des Actinomycetales. Plusieurs auteurs ont proposé la subdivision de cet ordre en familles, mais aucun de ces systèmes n'a reçu une approbation générale.

Les Actinomycètes, tout comme les autres Bactéries, font l'objet d'études au niveau moléculaire, destinées à élucider le cours de leur évolution. Dans ce domaine, l'analyse du fragment 16S de l'acide ribonucléique ribosomique (ARN-r) indique certaines associations qui, éventuellement, devraient permettre un groupement rationnel des genres actinomycétiques. Comme indiqué ci-dessus, cette absence de groupements phylogénétiques chez les Actinomycètes n'empêche pas une classification artificielle pratique fondée sur leur morphologie et leur constitution chimique. Jusqu'à présent, il n'y a pas de conflits entre les groupements chimiques et les résultats obtenus par l'étude de la composition de l'ARN-r des Actinomycètes.