ANTIBIORÉSISTANCE

Mondialisation des antibiorésistances 

L’antibiorésistance n’est pas un phénomène nouveau. En effet, dès la mise sur le marché des premiers antibiotiques dans les années 1940-1950 (pénicillines, sulfamides, aminosides…), il a rapidement été mis en évidence des mécanismes de résistance chez plusieurs espèces bactériennes d’importance clinique (Staphylococcus aureus, Escherichia coli…). Chaque nouvelle génération d’antibiotiques a vu apparaître de nouveaux mécanismes de résistance jusque-là ignorés, dont la diffusion s’exerce de multiples façons à partir de bactéries « réservoirs » de gènes de résistance. En effet, de nombreuses bactéries retrouvées dans l’eau ou dans le sol portent des gènes de résistance chromosomique ou plasmidique, qui peuvent occasionnellement se transmettre à des espèces potentiellement pathogènes pour l’humain. Initialement sensible aux pénicillines, Staphylococcus aureus ne l’est quasiment plus depuis bien longtemps – plus de 90 % des souches mondiales y sont résistantes aujourd’hui. Cela témoigne de la constante pression de sélection en antibiotiques dans l’environnement à travers l’espace et le temps, mais aussi de l’avantage sélectif conféré par ces gènes pour, par exemple, résister à l’action des antibiotiques naturellement produits par d’autres micro-organismes.

L’augmentation importante du nombre de bactéries résistantes à plusieurs antibiotiques, dites multirésistantes (BMR), identifiées dès les années 1970, a compliqué la lutte car elle a réduit le nombre de molécules efficaces. Les premières β-lactamases à spectre étendu (BLSE), enzymes qui dégradent les pénicillines et certaines céphalosporines, ont alors commencé à diffuser chez les entérobactérales (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Citrobacterfreundii…). Les premières BLSE sont apparues par mutation ponctuelle d’enzymes de type pénicillinases (β-lactamases) permettant un élargissement de leur spectre d’action aux céphalosporines. Le passage de ces gènes de résistance sur des plasmides hautement transmissibles a occasionné les premières épidémies, essentiellement à l’hôpital. À la fin des années 1990, de nouvelles BLSE dénommées CTX-M – pour « céfotaximase-Munich » car identifiées pour la première fois en Allemagne – ont radicalement changé l’épidémiologie et la répartition des profils de résistance à l’échelle mondiale. D’après le rapport de 2020 de surveillance de la consommation d’antibiotiques en établissement de santé (Santé publique France), près de 10 % des entérobactérales isolées en clinique sont porteuses de BLSE en France. Ce chiffre peut monter à plus de 50 % dans certains pays, où l’utilisation massive d’antibiotiques dans la population générale, le manque de réglementations sanitaires ou encore le commerce non contrôlé d’antibiotiques concourent à la sélection de ces clones résistants. L’origine des CTX-M a pu être identifiée chez certaines entérobactéries environnementales aquatiques (Kluyveraascorbata) où des gènes chromosomiques présentent une haute homologie de structure avec ceux des bactéries résistantes en clinique. Ceux-ci ont très probablement été mobilisés par des transposons à partir de l’environnement naturel puis ont diffusé via un vecteur plasmidique. L’environnement constitue donc un réservoir probablement important de gènes de résistance.

Parmi les bactéries multirésistantes, le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (ou SARM) occupe également une place importante. Après la découverte de premiers isolats résistants à la pénicilline deux ans après la commercialisation de la pénicilline G en 1944, le développement de nouvelles pénicillines insensibles à l’action des pénicillinases a conduit à la mise sur le marché en 1960 de la méticilline. Son excellente efficacité fut rapidement[...]