CORONAVIRUS

Les coronavirus (abrégés en CoV) constituent un groupe de virus dont le nom (issu du latin corona signifiant « couronne ») provient de leur aspect caractéristique observé au microscope électronique : ce sont de petites sphères d’environ 130 nanomètres de diamètre, hérissées de spicules en forme de massue qui leur donnent l’apparence d’une couronne. Décrits pour la première fois au début des années 1950 par des vétérinaires américains étudiant un agent provoquant des bronchites chez des oiseaux d’élevage, les coronavirus sont responsables de nombreuses pathologies respiratoires et diarrhéiques chez certains animaux domestiques. On les trouve également en nombre croissant du fait de l’examen systématique des virus présents dans des populations d’animaux sauvages.

Chez l’homme, les coronavirus sont associés depuis les années 1960 à diverses infections respiratoires, généralement bénignes excepté chez des sujets souffrant déjà d’autres maladies, respiratoires ou d’origine immunitaire. Depuis le début des années 2000, trois pathologies impliquant des coronavirus émergents (non connus auparavant) et provoquant une forte mortalité ont été identifiées. Ce sont le syndrome respiratoire aigu sévère ou SRAS en 2003, le « syndrome respiratoire du Moyen-Orient » ou MERS (pour Middle East respiratory syndrome) en 2012 et la Covid-19 (Co- pour corona, vi- pour virus, d pour disease, « maladie » en anglais, le nombre 19 indiquant l’année de l’apparition de cette maladie, 2019). L’apparition de telles pathologies a mis en lumière l’importance que cette famille de virus a prise en termes de santé publique et la difficulté dans laquelle les États se trouvent pour apporter des réponses efficientes à de tels risques épidémiques – pandémique pour la Covid-19, qui s’est répandue dans de nombreux pays.

Nomenclature des coronavirus

Les coronavirus sont des virus à ARN appartenant à la famille des Coronaviridae et, pour ceux présentés ici, à la sous-famille des Orthocoronavirinae, qui comprend une quarantaine d’espèces, réparties en quatre groupes sur la base de l’organisation de leur génome et de leurs propriétés biologiques :

– les alphacoronavirus, qui sont surtout responsables de diarrhées chez les mammifères, en particulier les porcs et félins ;

– les bêtacoronavirus, qui sont responsables de l’hépatite murine, de pathologies diverses chez le porc et les chevaux ; ce genre inclut le sous-groupe des sarbécovirus (sar- pour SARS, -bé- pour bêta, -co- pour corona) pathogènes pour l’homme, SARS-CoV-1 et 2, MERS-CoV ;

– les gammacoronavirus, qui provoquent des troubles pulmonaires surtout chez les oiseaux ;

– les deltacoronavirus, moins connus, qui infectent surtout des oiseaux.

Leur nomenclature comporte souvent l’acronyme de la maladie suivie de la désinence CoV. Ainsi, la maladie SRAS est causée par le virus SARS-CoV-1 (1 parce que c’est le premier de cette espèce à avoir été identifié) et la Covid-19 est provoquée par le SARS-CoV-2 (appelé ainsi car proche du virus du SRAS et découvert en second).

Les coronavirus se multiplient chez les animaux à sang chaud. Ils sont généralement spécifiques d’une espèce, mais peuvent souvent franchir une barrière interspécifique et en infecter une autre. Certains cohabitent sans conséquence apparente avec l’organisme hôte, comme chez la chauve-souris ; d’autres, au contraire, se montrent pathogènes, comme chez la poule (troubles pulmonaires dus à des gammacoronavirus) ou le porc (diarrhées dues à des alphacoronavirus).

Les coronavirus humains sont issus de coronavirus présents chez certains animaux. À l’origine, ceux qui sont responsables de simples rhumes étaient sans doute des virus de ruminants et de rongeurs, devenus spécifiques à l’homme et endémiques chez ce dernier. Dans les trois cas les plus virulents, ils dérivent[...]