DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE

Identifier le micro-organisme responsable d’une maladie infectieuse, qu’elle soit virale ou associée à un autre pathogène, revêt une importante toute particulière. En effet, de ce diagnostic peut dépendre la prise en charge du patient, ce qui en est l’aspect le plus évident. L’identification des agents infectieux permet aussi le suivi de la propagation d’un virus ou d’une maladie virale au sein d’une population donnée. Cette surveillance peut aboutir à la mise en place de mesures de prévention et de contrôle adaptées à l’évolution de la situation sanitaire, comme cela est le cas par exemple depuis 2020 pour le suivi de la pandémie de Covid-19, causée par le virus SARS-CoV-2, et depuis plusieurs dizaines d’années pour les virus grippaux.

Le diagnostic virologique repose, tout comme le diagnostic bactériologique, sur deux approches chacune fondée sur des propriétés caractéristiques d’un virus donné, qui le différencie des autres micro-organismes : on distingue ainsi le diagnostic direct, consistant à détecter la présence du virus ou de l’un de ses constituants chez le sujet examiné – ce qui associe le virus à une infection active –, du diagnostic indirect détectant la présence d’anticorps dirigés contre ce virus, produits en réaction à une infection antérieure. Ces deux approches ne s'excluent pas mutuellement et sont bien souvent complémentaires pour aboutir à l’identification du virus impliqué et de sa circulation. Le choix de leur mise en œuvre dépend largement de la question posée : diagnostic virologique sur un individu malade, dépistage à l’échelle d’une population ou encore identification d’un virus nouveau et de ses propriétés.

Du prélèvement à l’acheminement au laboratoire

Le point de départ de tout diagnostic virologique est le prélèvement de l’échantillon à analyser. Le respect des protocoles de prélèvement est primordial pour assurer l’obtention d’échantillons biologiques de qualité et permettre ainsi un diagnostic fiable. Lorsque la décision est prise par les équipes médicales d’effectuer des examens de biologie médicale, le type de prélèvement est décidé en fonction des symptômes observés et de l’identité probable de l’agent pathogène impliqué.

Un échantillon biologique de qualité doit être prélevé dans les bonnes conditions et au bon moment (période de l’infection) – ni trop précocement si l’on souhaite détecter les anticorps produits par l’organisme, ni trop tardivement si c’est le pathogène que l’on recherche. Ce dernier peut en effet disparaître d’un compartiment biologique au cours du temps. C’est le cas, par exemple, de certains virus possédant une phase virémique (présence du virus dans le sang) très courte, comme le virus de l’hépatite A. Le prélèvement doit ensuite être conservé et acheminé dans de bonnes conditions jusqu’au centre d’analyses. Ainsi, l’échantillon doit être sécurisé (souvent en triple emballage de sécurité dit biohazard) ; son transport doit être le plus rapide possible et effectué à bonne température – le plus souvent à 4 ⁰C si le trajet dure plusieurs heures (en glacière ou boîte à glace) ou à –20 ⁰C voire –80 ⁰C pour les délais plus longs, notamment si une mise en culture du virus est requise. Enfin, l’échantillon doit être correctement renseigné – motif(s) de la demande, principaux symptômes présentés par le malade, date de début des troubles, nature du prélèvement, etc. – pour permettre un rendu interprétable et fiable des résultats. Différents types et modalités de prélèvement peuvent être utilisés selon la suspicion du pathogène à rechercher, sa localisation préférentielle dans l’organisme et la technique de détection à utiliser. Pour le diagnostic indirect par recherche d’anticorps dans le sang, on utilise du sang total prélevé dans un tube stérile, additionné d’un anticoagulant[...]