GÉNOMIQUE Génomique et cancérologie
Génomique descriptive et cancérologie
Microsystèmes : la puce à ADN Micam 8100
Artechnique/ CEA
L'établissement des cartes d'identité tumorales nécessite en théorie une analyse de la structure (ADN) et de l'expression (ARN, protéines) de tous les gènes. Cet objectif reste aujourd'hui encore impossible à atteindre bien que des avancées considérables aient été obtenues dans l'analyse des acides nucléiques. La technologie qui répond le mieux à une évaluation quantitative de l'expression de la majorité des gènes (transcriptome) repose sur les techniques d'hybridation des ARN, rétrotranscrits en ADNc, et rendus repérables par marquage fluorescent (le plus souvent) sur microréseaux d'ADN (puces à ADN, DNA chips en anglais).
Pour l'étude à grande échelle de la structure du génome et de l'expression des protéines, la seule technique d'étude de la structure de l'ADN qui puisse être adaptée à la cartographie tumorale est l'hybridation génomique comparative sur puce à ADN. Elle permet l'analyse des délétions et amplifications dans le matériel génétique examiné. Le support est proche de celui qui est utilisé pour l'analyse du transcriptome. La différence essentielle consiste dans l'utilisation de l'ADN, et non de l'ARN, comme cible marquée en fluorescence et de l'hybridation compétitive entre l'ADN tumoral et l'ADN normal. La résolution n'est limitée que par la densité de la puce. Des puces pangénomiques d'une résolution de 100 kb devraient être disponibles dans les prochaines années. Ces outils pourraient également être utilisés pour identifier, après immunoprécipitation, les régions hyperméthylées du génome tumoral, ou encore pour analyser les sites de fixation de facteurs de transcription, permettant ainsi une analyse globale de certaines anomalies épigénétiques des tumeurs.
L'analyse approfondie des déterminants moléculaires de la biologie tumorale passe par celle des protéines directement impliquées dans le phénotype tumoral. La protéomique tumorale est donc promise à un bel avenir, mais reste encore de portée limitée dans le cadre de la cartographie tumorale à une échelle pangénomique. Cette situation est due essentiellement à des considérations techniques. L'électrophorèse bidimensionnelle a fait des progrès remarquables en termes de reproductibilité ; elle permet d'appliquer des logiciels performants d'analyse d'image qui, couplés à l'interrogation d'importantes bases de données, offrent déjà un bon criblage. Mais le nombre de protéines analysées reste, dans les meilleurs des cas, de l'ordre de quelques milliers. Les techniques de spectrométrie de masse pèchent encore par la difficulté d'appliquer des méthodes réellement quantitatives. Il faut toutefois signaler l'intérêt des études portant sur les profils protéiques du sérum, obtenus par spectrométrie de masse (technique SELDI par exemple), qui semblent prometteurs sur le plan clinique, même si l'identification des protéines reste pour l'instant difficile et peu efficace.
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Écrit par
- Daniel LOUVARD : directeur de recherche au C.N.R.S., directeur de la section de recherche à l'Institut Curie
- François SIGAUX : directeur de l'Institut universitaire d'hématologie
Classification
Média
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