MICROBIOLOGIE
La diversité du monde microbien
Les bactéries
L' étude taxonomique des bactéries (procaryotes) montre que ces organismes forment deux ensembles phylogénétiquement très distincts, les archéobactéries et les eubactéries.
Les archéobactéries vivent dans des milieux extrêmement défavorables et ont des caractéristiques si spécifiques tant au niveau de leur expression génétique que de leur métabolisme que certains biologistes considèrent que le monde vivant est composé de trois domaines : les eucaryotes, les archéobactéries et les eubactéries. On peut distinguer trois sous-groupes d'archéobactéries : les halophiles, qui vivent dans des milieux hypersalés, les méthanogènes, qui produisent du méthane et vivent au fond de la mer ou dans le tube digestif de certains animaux, et les thermoacidophiles, qui occupent des niches écologiques à la fois acides et chaudes telles que les sources thermales sulfureuses.
D'une extrême diversité, les eubactéries (« bactéries vraies ») forment un ensemble complexe dont les classifications dépendent des critères choisis. Ainsi peut-on différencier les eubactéries en fonction de leur forme, de leur type trophique (choix de la source d'énergie, de carbone et d'électron), de la composition de leur paroi cellulaire ou des similitudes de séquence nucléotidique de leur ADN. Trois grandes catégories d'eubactéries résultent de la conjonction de ces critères : les cyanobactéries, les bactéries à coloration de Gram positive et les bactéries à coloration de Gram négative.
Les cyanobactéries (Anabaena sp., par exemple), connues dans le passé comme cyanophycées ou algues bleues, sont des procaryotes à part entière, qui réalisent une photosynthèse de type oxygénique.
Les bactéries à coloration de Gram positive, dont la paroi cellulaire est composée d'une couche épaisse de peptidoglycane, forment deux groupes de bactéries différentiables en fonction du contenu en guanine (G) et en cytosine (C) de leur ADN : le groupe des actinomycètes (Corynebacterium diphtheriae, par exemple) à contenu en G+C élevé et le groupe des clostridies (Bacillus subtilis, par exemple) à contenu en G+C faible.
S. Lowry/ Univ Ulster/ The Image Bank/ Getty Images
Enfin, les bactéries à coloration de Gram négative forment un ensemble d'une diversité considérable. Certaines ont une paroi composée d'une couche fine de peptidoglycane masquée par une membrane externe. C'est le cas, d'une part, des spirochètes (par exemple, Treponema pallidum, agent de la syphilis) aux formes spiralées ou incurvées et, d'autre part, des procaryotes phototrophes anoxygéniques appelés bactéries pourpres et vertes (par exemple, Chlorobium sp.) et de leurs parents non photosynthétiques (par exemple, Salmonella typhimurium, agent de la salmonellose). Cependant, il existe des bactéries, appelées mycoplasmes, qui ont une coloration de Gram négative par absence de paroi, l'enveloppe cellulaire se limitant à une simple membrane plasmique.
Les protozoaires
Les protozoaires sont des organismes eucaryotes unicellulaires. À ce titre, et contrairement aux micromycètes et micro-algues, les protozoaires sont tous des protistes. Ils sont habituellement mobiles et caractérisés par une nutrition de type hétérotrophe, réalisée soit par phagocytose, soit par saprophytisme.
Plasmodium : cycle de développement
Encyclopædia Universalis France
Les protozoaires forment quatre ensembles majeurs : les zooflagellés (par exemple, Trypanosoma brucei, agent de la maladie du sommeil), qui sont mobiles grâce à la présence d'un ou de plusieurs flagelles ; les rhizopodes (par exemple, Entamoeba histolytica, agent de la dysenterie amibienne), qui se déplacent par pseudopodes ; les sporozoaires (par exemple, Plasmodium falciparum, agent du paludisme), qui sont des parasites immobiles possédant un stade sporogène au cours de leur cycle biologique ; les ciliés (par exemple, Paramecium, la paramécie), qui portent des cils leur permettant[...]
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Écrit par
- Corinne DOREL : maître de conférences à l'Institut national des sciences appliquées de Lyon
- Philippe LEJEUNE : professeur à l'Institut national des sciences appliquées de Lyon
- Jean-Michel PANOFF : biologiste, professeur à l'université de Caen Basse-Normandie
Classification
Médias
Antonie Van Leeuwenhoek
Wellcome Collection ; CC 2.0
Robert Koch
Hulton Archive/ Getty Images
Alexander Fleming
Davies/ Keystone/ Hulton Archive/ Getty Images
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