MICROBIOME ET SANTÉ

Notre corps abrite une communauté complexe de milliards de microbes, surtout des bactéries, mais aussi des virus, levures et protozoaires, un nombre à peu près équivalent à celui des cellules humaines. Dans des conditions normales, cette population vit en équilibre avec l’organisme et joue plusieurs rôles physiologiques importants pour notre santé : ainsi des souris sans bactéries intestinales vivent-elles nettement moins longtemps que les souris normales. À l’inverse, certains de ces microbes peuvent se multiplier et cette prolifération sélective a souvent des effets néfastes pour la santé.

Le microbiome est généralement défini comme l’ensemble des micro-organismes vivant à la surface et à l’intérieur du corps. Si le microbiome est l’ensemble de cette flore, le microbiote est restreint à la flore d’un organe. L’existence d’une flore intestinale est connue depuis le xix^e siècle. L’importance de ce microbiote sur la santé, ici surtout des bactéries intestinales Lactobacillus et Bifidobacterium, a été proposée il y a plus de cent ans par le biologiste franco-russe Élie Metchnikov (1845-1916), un des deux lauréats du prix Nobel de physiologie ou médecine en 1908, qui passa plusieurs de ses années les plus productives à l’Institut Pasteur à Paris. Bien que la conclusion de Metchnikov n’ait alors pas été étayée par l’expérience, elle se vérifie de nos jours et donne au microbiome une place importante dans la physiopathologie de l’organisme humain.

Il a fallu en effet attendre les progrès impressionnants des techniques de séquençage de l’ADN dans les années 1990 pour identifier les changements qui surviennent dans le microbiome d’un sujet et reconnaître l’ampleur du rôle des microbes commensaux dans la physiologie humaine normale et le développement de maladies. Le microbiote de chaque organe peut désormais être déterminé à l’aide de la PCR (polymerasechainreaction ou réaction en chaîne par polymérase), une technique qui permet l’amplification de l’ADN contenu dans un prélèvement, suivie du séquençage à l’aveugle de l’ADN amplifié. L’analyse informatique des innombrables séquences obtenues permet de déterminer la nature des micro-organismes présents dans le spécimen donné sans avoir à cultiver les microbes. Ces techniques permettent également de quantifier les espèces microbiennes présentes dans le spécimen, afin d’obtenir des variations quantifiées.

L’analyse qualitative et quantitative des microbiotes d’un sujet, sain ou malade, n’est cependant pas suffisante pour affirmer qu’il existe un lien entre les variations du microbiote et la santé. Il faut pouvoir lui associer une analyse clinique robuste de l’hôte et, en l’absence d’expérimentation humaine, on devra s’appuyer sur un modèle expérimental pour vérifier les hypothèses : on choisira la souris, tout en sachant que ce qui est vrai pour elle ne l’est pas nécessairement pour l’homme. Ainsi nos connaissances sont-elles encore « en construction » et, si le lien entre l’état du microbiome humain et la santé humaine est désormais certain, on ne saurait proposer de mode d’action simple ni même général.

De ce fait, on a préféré présenter ici le rôle des principaux microbiotes dans le développement de maladies et le maintien de la santé, qui apportent chacun un éclairage particulier sur le rôle de ces communautés microbiennes.

Le microbiote intestinal et la santé

L'étude du microbiote intestinal est de loin la plus avancée par rapport à celle des autres microbiotes, peut-être en raison du rôle joué par les bactéries intestinales dans un grand nombre de maladies. Plus de 1 000 espèces bactériennes ont été identifiées dans l’intestin humain. Cependant, 90 p. 100 d'entre elles appartiennent aux bactéries Firmicutes et Bacteroidetes, les 10 p. 100 restants étant constitués principalement de[...]