MICROBIOME ET SANTÉ

Soigner le microbiome, soigner par le microbiome

Les infections bactériennes sont invariablement traitées avec des antibiotiques. Au su du rôle des microbiotes, un traitement antibiotique idéal ne devrait pas seulement cibler les agents pathogènes, mais aussi protéger la flore normale. Les traitements antibiotiques de l’avenir pourraient être grandement améliorés si l'importance du microbiome humain était prise en compte. Il s’agit ici surtout du microbiote intestinal. Les traitements qui maintiennent la composition du microbiote intestinal sain sont susceptibles d'être utiles pour la prise en charge des maladies auxquelles contribue un microbiote perturbé. C’est ce qui explique l’intérêt croissant pour les probiotiques. Le nom est construit en opposition à antibiotiques : les probiotiques sont en effet des micro-organismes qui, additionnés à la flore du tractus digestif, agissent sur la diversité de cette dernière, améliorant ainsi la santé du sujet ou, du moins, lui procurant un avantage.

Les souches de lactobacilles produisant de l’acide lactique ainsi qu’un certain nombre de bifidobactéries représentent les principaux micro-organismes classés comme agents probiotiques. D'autres bactéries, telles que les Roseburia qui produisent l’acide butyrique et les bactéries AkkermansiamuciniphilaetParabacteroidesgoldsteinii, pourraient également appartenir à cette catégorie. Ces bactéries probiotiques entrent en compétition avec les autres membres de la flore pour les ressources nutritives limitées et peuvent ainsi empêcher la croissance des agents pathogènes. Un autre mécanisme d'action des probiotiques consiste en l'activation des cellules T-reg intestinales qui sont liées à l’induction de la tolérance et à la réduction de l'inflammation. En outre, les acides gras à chaîne courte produits par la fermentation bactérienne des polysaccharides alimentaires dans le côlon peuvent également activer les cellules T-reg et diminuer la virulence des pathogènes intestinaux, favorisant ainsi l'homéostasie intestinale et la santé de l’hôte. Plusieurs études cliniques récentes indiquent que les probiotiques seraient efficaces pour traiter nombre de situations pathologiques, y compris les allergies, la diarrhée, l'eczéma, les infections urinaires et vaginales et les maladies inflammatoires chroniques. Cependant, certaines études suggèrent que les probiotiques pourraient être plus efficaces s’ils étaient administrés de façon préventive immédiatement après la naissance et avant l'établissement du microbiote intestinal de l’adulte.

On peut également tenter de stimuler la croissance de telle ou telle population bactérienne en administrant des substances, en général des fibres et des oligosaccharides de petite taille. Ces substances, qui portent le nom générique de prébiotiques, favorisent la croissance des espèces microbiennes bénéfiques dans l’intestin (principalement les bifidobactéries et lactobacilles). Par exemple, une alimentation riche en fibres alimentaires augmente le niveau de plusieurs bactéries prébiotiques, y compris les bifidobactéries, les Clostridium XIVa, Faecalibacteriumprausnitzii, les Prevotella et les Xylanibacter, tout en réduisant les firmicutes et les entérobactéries. Les effets bénéfiques d’une alimentation riche en fibres végétales sont assurés principalement par les bactéries intestinales qui dégradent les polysaccharides et produisent des acides gras à chaîne courte activant les cellules T-reg et réduisant l’intensité du processus inflammatoire. Les fibres alimentaires protègent aussi la muqueuse de l’intestin en empêchant la dégradation du mucus intestinal. Du fait de l’importance fonctionnelle du microbiote intestinal, de nouveaux traitements alimentaires à base de prébiotiques ont été mis au point pour moduler la réponse immunitaire de l'intestin et rétablir son homéostasie. À[...]