MICROBIOME HUMAIN

Conséquences du déséquilibre entre populations bactériennes

Dans une optique darwinienne simple, on peut penser que, puisque le microbiote intestinal (dont il va surtout être question ici) est différent des divers mondes bactériens (du corps et de l’environnement) qui l’entourent, c’est qu’il a été sélectionné d’une façon ou d’une autre sur la base de sa relation avec l’hôte et des conditions propres à cet écosystème. S’il en est ainsi, à quoi sert-il ?

De manière générale, le microbiote donne à l’individu des caractéristiques spécifiques. Il contribue à une absorption efficace des nutriments par l’intestin. Des micro-organismes participent à l’hydrolyse (décomposition) des aliments, notamment des polysaccharides complexes. Ils contribuent au contrôle de voies métaboliques importantes pour les acides gras, le calcium et surtout le fer. Ainsi, les cellules intestinales de souris dépourvues de microbiome (souris dites axéniques) sont moins capables de stocker et de libérer le fer sous une forme utilisable. Le microbiote intestinal contribue par ailleurs à la gestion des vitamines K et B12. Ces fonctions du microbiote intestinal sont directement liées à la nutrition et présentent souvent, chez l’homme comme chez l’animal, une dimension symbiotique.

Un autre rôle des microbiotes concerne le développement du système immunitaire. Les souris axéniques présentent un système immunitaire immature et doivent être gardées dans un espace stérile car elles sont particulièrement sensibles aux infections. La colonisation de leur intestin par Bacteroidesfragilis, une bactérie présente dans tous les microbiotes intestinaux et connue pour son effet anti-inflammatoire, rétablit l’équilibre normal des populations lymphocytaires de l’animal et une production normale de ses lymphokines. Comme l’intestin contient 70 p. 100 des cellules du système immunitaire et que ces cellules circulent dans l’organisme, leur interface avec le contenu intestinal et le microbiote ne saurait être ignorée.

Enfin, toujours dans le registre de la protection de l’organisme, le microbiote s’oppose à l’expansion de populations de bactéries pathogènes ou du moins la ralentit. La réponse protectrice s’opère principalement par la sécrétion de mucus, la libération de peptides antibactériens – les défensines – et le recrutement de cellules du système immunitaire. La réponse immunitaire innée est dominante.

Ce lien entre bactéries et protection du tube digestif est connu depuis longtemps. Il n’informe pas sur les éventuelles conséquences pathologiques de la rupture de l’équilibre entre différentes populations bactériennes, que l’on observe souvent lors de traitements antibiotiques. En effet, si ces derniers éliminent effectivement les bactéries pathogènes, ils détruisent aussi d’autres populations et induisent ainsi un déséquilibre, phénomène appelé dysbiose. Certaines bactéries détruites peuvent alors être supplantées par d’autres, qui peuvent se révéler pathogènes – tels que les staphylocoques, streptocoques, entérocoques, entérobactéries, ou encore des Klebsiella et Neisseria. Les perturbations sont en général mineures et l’équilibre initial se rétablit spontanément. Si cela tarde trop (au-delà de deux à trois semaines), on pourra recourir à des probiotiques, un ensemble de bactéries vivantes dont la prolifération contribue à la normalisation des populations intestinales. La célébrissime Ultra Levure^®, ancêtre des probiotiques, tend à être remplacée par des mélanges bactériens de composition fondée sur des effets protecteurs reconnus.

Un cas particulier de déséquilibre populationnel est lié à l’infection par la bactérie Clostridium difficile. Caractérisée par des diarrhées récurrentes graves, des spasmes abdominaux douloureux et des nausées, la maladie apparaît le plus souvent chez[...]