MICROBIOME HUMAIN

Microbiote, maladies intestinales et maladies métaboliques

L’intestin est sujet à de nombreuses maladies inflammatoires chroniques. Certaines sont relativement bénignes, comme la maladie du côlon irritable. D’autres peuvent être graves et invalidantes comme la maladie de Crohn, la rectocolite hémorragique et la maladie cœliaque. Leur étiologie est en général mal connue, mais implique souvent des facteurs dits « environnementaux ». Le microbiote est-il un de ces facteurs ?

Dans les exemples qui vont suivre, le rôle éventuel du microbiote intestinal d’un malade dans une pathologie peut être identifié d’une part par l’étude de sa composition en populations bactériennes et par comparaison avec celle de sujets sains, et d’autre part en observant l’amélioration de l’état de santé lorsque l’on repeuple l’intestin par des bactéries « protectrices ». Il s’agit donc de corrélations statistiques qui n’établissent pas formellement de relation de cause à effet. L’étude comparée du microbiote montre invariablement une association entre la prolifération ou la diminution de certaines populations bactériennes chez les patients par rapport aux sujets dits sains. Le dénominateur commun est la diminution de la proportion des bactéries capables de produire une substance protectrice de la muqueuse, l’acide butyrique. On observe ainsi de profondes modifications du microbiote dans le syndrome du côlon irritable, la maladie de Crohn et dans la rectocolite hémorragique. Le microbiote y est moins diversifié, avec une forte diminution de bactéries productrices de butyrate comme Roseburia ou Akkermansia ou encore Faecalibacteriumpraunitzii, dont on sait en outre depuis 2016 qu’elles sécrètent des molécules anti-inflammatoires. De plus, les bactéries pro-inflammatoires comme Escheria coli représentent jusqu’à un tiers des populations contre moins de 10 p. 100 chez un sujet sain. Quelle que soit l’origine de la maladie, ici encore la TMF améliore significativement l’état de certains patients.

Les maladies dites métaboliques (certains troubles hépatiques, l’obésité ou encore le diabète de type 2) sont largement liées aux pratiques alimentaires. L’analyse des microbiotes de sujets obèses montre que les bactéries Prevotella et Firmicutes, ainsi que les Archées méthanogènes (produisant du méthane) sont significativement plus abondantes que chez celles d’un sujet de poids normal. On pense que ces micro-organismes sont plus efficaces pour la fourniture de nutriments énergétiques à partir de fibres végétales que ceux qui dominent la flore intestinale des personnes dont le poids est normal. Le déséquilibre populationnel favoriserait ainsi le stockage par le sujet obèse d’un apport de graisses issues de ce métabolisme excessif. Le microbiote agirait également sur la production des hormones digestives, contribuant à un moindre contrôle de la satiété.

Dans le cas du diabète de type 2, souvent associé à l’obésité et souvent amélioré par une diète rigoureuse, certaines bactéries ont un rôle précis, tant dans la pathogenèse que dans la thérapie de la maladie. C’est le cas de Prevotellacopri et de Christensenella minuta dont les populations sont très augmentées chez les malades. Elles amplifient la réaction inflammatoire et la résistance à l’insuline, un point important dans l’évolution du diabète. À l’inverse, d’autres bactéries comme Parabacteroidesgoldsteinii, Akkermansiamuciniphila et Bacteroidesthetaiotaomicron renforcent la cohésion entre les cellules de la paroi intestinale et protègent contre l’inflammation intestinale, et leur transfert dans le côlon des patients constitue une option thérapeutique depuis 2018.