PHARMACOPHORE

Le terme de pharmocophore correspond à un concept théorique selon lequel un fragment moléculaire, plus ou moins important, serait déterminant pour l'activité biologique de la molécule à laquelle il appartient, de la même façon qu'un seul groupement chimique (chromophore) est, par exemple, porteur de la propriété colorante d'une molécule. Dans l'image classique où l'on compare la molécule à une clef, dont le récepteur biologique serait la serrure, le pharmacophore correspondrait au panneton de la clef. Il est constitué par une simple fonction chimique ou, le plus souvent, par un ensemble structural comportant des fonctions, des chaînes et/ou des cycles. La position relative de ces éléments et, le cas échéant, les dimensions et la géométrie de l'ensemble qu'ils forment, ainsi que la répartition électronique peuvent être capitales pour l'activité. Effectivement, l'agencement spatial et les polarités des atomes constituant ce fragment actif confèrent à ce dernier une structure particulière qui doit pouvoir établir des liaisons, en général non covalentes, avec les sites récepteurs de l'organisme.

L'activité apportée par un pharmacophore est susceptible d'être modifiée ou même supprimée par l'introduction d'autres substituants sur la molécule. En effet, en changeant la géométrie et/ou la répartition électronique de la molécule initiale, ces nouveaux éléments pourront gêner ou empêcher son accès au site d'action ou induire de nouvelles activités.

La notion de pharmacophore est issue d'observations faites au cours des études de relations structure-activité pratiquées en pharmacochimie. Elle doit être interprétée avec une grande prudence, car les propriétés biologiques qu'un pharmacophore est susceptible d'induire intrinsèquement peuvent être modifiées non seulement par son environnement sur la molécule et par des facteurs métaboliques et physico-chimiques conditionnant son accès au récepteur, mais aussi parce que le même type de récepteur peut commander des systèmes physiologiques fonctionnellement différents ; en exemple, les récepteurs β de l'adrénaline se retrouvent dans le cœur, les vaisseaux, le cerveau, les bronches, etc.

— Jean-Cyr GAIGNAULT