PHYLOGÉNOMIQUE

Un bouleversement de l'arbre phylogénétique ?

Les données s'accumulent rapidement. Peu d'auteurs se hasardent à utiliser toutes les données acquises pour construire des arbres. Chaque phylogénie proposée aujourd'hui n'est pas définitive : elle ne constitue en fait qu'une étape, différente et plus précise que la précédente. Elle évolue sans cesse avec la détermination d'autres génomes. Il est difficile de parler de « bouleversement » par rapport à la phylogénie moléculaire. Mais, outre une plus grande précision des rapports entre les clades, on note quelques surprises. Par exemple, chez les vertébrés, le rapprochement inattendu des éléphants et du hérisson de Madagascar (Tenrec ecaudatus) a formellement confirmé l'existence du nouveau clade des Afrotheria – qui avait été proposé en 1998 par Michael Stanhope – et étendu sa validité. Ce dernier clade, qui regroupe quelque 1 000 genres surtout présents en Afrique, est cependant contesté par certains morphologistes. C'est à propos des « invertébrés » (notion qui n'a plus de valeur zoologique) que la phylogénomique a le plus fort impact. Les filiations entre la plupart des groupes anciens étaient difficiles à établir par les méthodes classiques. La phylogénomique confirme la monophylie des mollusques, mais crée un clade inattendu regroupant les brachiopodes, les némertes et les annélides. La place des cténaires reste indéterminée. En réalité, les positionnements actuels demeurent souvent hypothétiques, à la merci de nouveaux échantillons ou de nouveaux modes de calculs. En outre, la morphologie et la paléontologie n'ont pas dit leur dernier mot. Quoi qu'il en soit, une nouvelle phylogénie se met en place, ce qui amènera inéluctablement à une nouvelle classification du monde vivant.