SÉQUENÇAGE HAUT DÉBIT DE L'ADN

Le single cell sequencing (SCS)

La grande tendance actuelle est d’adapter les technologies NGS au niveau d’une seule cellule. Comme son nom l’indique, le SCS consiste à isoler une population précise de cellules, voire une cellule unique, pour en séquencer ensuite le contenu génétique spécifique (génomique pour son ADN et transcriptomique pour les gènes exprimés à partir de la population des ARN messagers), en s’affranchissant ainsi d’une hétérogénéité cellulaire fréquente et donc potentiellement préjudiciable dans un prélèvement comme une biopsie, mais aussi de la quantité de matériel génétique à extraire en vue des analyses ultérieures. Par exemple, lors des traitements individualisés d’un cancer, savoir en effet quels gènes sont exprimés et/ou quelles anomalies du génome existent dans une cellule cancéreuse implique que la contamination par les tissus avoisinants soit la plus faible possible. Plusieurs procédés existent dont des systèmes intégrés microfluidiques miniaturisés (Fluidigm Corporation), avec des microcanaux permettant de trier les cellules, des « pièges » pour les isoler puis les individualiser dans des microréacteurs, dans lesquels auront lieu les réactions nécessaires pour extraire et amplifier ADN et ARN. Les coûts de cette technologie restent encore assez élevés et la difficulté ici réside, suivant les systèmes, dans le nombre de cellules isolées et principalement dans la faible quantité de matériel génétique de départ.