- 1. L’ADN, molécule support de l’information génétique
- 2. Le séquençage « historique et classique » de l’ADN : la méthode de Sanger
- 3. Le séquençage NGS et ses approches à haut débit
- 4. La troisième génération de séquençage
- 5. Le single cell sequencing (SCS)
- 6. Ordonner les données de séquençage
- 7. Exploiter les données de NGS
- 8. Évolution des techniques et perspectives
- 9. Bibliographie
SÉQUENÇAGE HAUT DÉBIT DE L'ADN
Bibliographie
C. Audebert, « Séquençage de 3e génération : collection hiver 2013 » (https://www.biorigami.com/?p=5317) ; « La génomique à la portée d’une cellule (ou l’inverse) » (https://www.biorigami.com/?p=5631, Biorigami, déc. 2013)
H. P. J. Buermans & J. T. den Dunnen, « Next generation sequencing technology: Advances and applications », in Biochimica et Biophysica Acta (BBA) – Molecular Basis of Disease, vol. 1842, pp. 1932-1941, no 10, 2014
M. Falque, « Évolution des méthodes de génotypage », in Le Sélectionneur français, no 62, pp. 3-16, 2011
L. Grobet, D. Poncelet, L. J. Royo et al., « Molecular definition of an allelic series of mutations disrupting the myostatin function and causing double-muscling in cattle », in Mammalian Genome, no 9, pp. 210–213, 1998
A. Kohn, T. P. Moroz, J. P. Barnes et al, « Single-cell semiconductor sequencing », in Methodsin Molecular Biology, vol. 8, pp. 247-284, 2013
A. F. Logsdon, M. A. Erickson, E. M. Rhea et al., « Gut reactions: How the blood-brain barrier connects the microbiome and the brain », in ExperimentalBiologyand Medecine, vol. 243, no 2, pp. 159-165, 2018
M. L. Metzker, « Sequencing technologies – the next generation », in Nature Reviews. Genetics, vol. 11, no 1, pp. 31–46, 2010
F. Montel, « Séquençage de l’ADN par nanopores. Résultats et perspectives », in Médecine/Sciences, vol. 34, no 2, pp. 161-165, 2018
F. Sanger, S. Nicklen & A. R. Coulson, « DNA sequencing with chain-terminating inhibitors », in Proceedingsof the NationalAcademy of Sciences of the USA, vol. 74, no 12, pp. 5463–5467, 1977
J. Sengenès, Développement de méthodes de séquençage de seconde génération pour l’analyse des profils de méthylation de l’ADN, thèse de biologie moléculaire, université Pierre-et-Marie-Curie, Paris VI, 2012
J. Wang & Y. Song, « Single cell sequencing: a distinct new field », in ClinicalTranslationalMedicine, vol. 6, no 10, 2017 (doi: 10.1186/s40169-017-0139-4)
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Écrit par
- Véronique BLANQUET : professeure de génétique, université de Limoges
- Nathalie DUPRAT : ingénieure d'études en techniques biologiques
- Lionel FORESTIER : ingénieur d'études en expérimentation et techniques biologiques
Classification
Médias
Exemple de diversité au sein d’un gène
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Détermination classique de la séquence d’un fragment d’ADN
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Principe de la PCR en émulsion (Ion Torrent®)
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