Cladistique et caractères moléculaires

Un cas particulier d’évolution des caractères moléculaires. Pour un site donné d’un gène quelconque, la comparaison des nucléotides montre que deux espèces X et Y possèdent chacune une cytosine C (située au bout des deux branches). Supposons qu’en réalité cette cytosine soit le résultat d’une série de substitutions successives (représentées par une flèche) qui se sont effectuées indépendamment chez ces deux espèces à partir d’une adénine (A) ancestrale, soit  A→ G →A→ G →T→ C chez X, et A→ G→ T →C→ T → C chez Y. Il serait alors faux de conclure que la cytosine de X et de Y est une synapomorphie et qu’elle était présente chez l’ancêtre de X et Y  (hypothèse à droite du nœud ancestral). Dans ce cas, seule une modélisation tenant compte des taux de substitutions des nucléotides du gène (méthode dite probabiliste) permettrait, éventuellement, de corriger l’erreur fondée sur l’observation de la cytosine de X et de Y et de découvrir que le site nucléotidique de l’ancêtre commun possédait en fait une adénine.

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