Représentation schématique de la réplication des viroïdes
La réplication se fait selon deux mécanismes : un mécanisme symétrique pour les viroïdes appartenant à la famille des Avsunviroidae (gauche de la figure) ; un mécanisme asymétrique pour les Pospiviroidae (droite de la figure). Chez les Avsunviroidae, les oligomères complémentaires (ARN-) subissent après leur synthèse une coupure (clivage) autocatalytique du fait de l'action des rybozymes du viroïde. Les monomères complémentaires (ARN–) ainsi obtenus sont circularisés et servent à leur tour de matrice pour synthétiser cette fois des oligomères de viroïde (ARN+), qui subissent à nouveau une coupure autocatalytique pour donner des monomères dont la circularisation donne finalement la descendance des molécules de viroïde. Chez les Pospiviroidae, il n'y a pas clivage après synthèse des oligomères complémentaires (ARN–) qui servent directement de matrice pour obtenir des oligomères (ARN+) de viroïde. Le clivage permettant de découper la chaîne oligomère en monomères est réalisé par une ARNase de la plante hôte, avant la circularisation finale.
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