Après avoir été page puis pèlerin, Aldrovandi étudia à Padoue et à Bologne, en 1545, d'abord le droit, puis la médecine. En 1549, il fut arrêté, accusé d'hérésie et envoyé à Rome où il put se disculper, probablement en partie grâce à sa naissance noble. De retour à Bologne, il obtint son diplôme...